Niewiele wiadomo o historii Skorpios, nie ma na nim śladów starożytności. Wenecjanie wylesili wyspę. W 1864 r., wraz z resztą Wysp Jońskich, Skorpios stał się częścią Grecji. W 1963 r. - za okazyjną kwotę 3,5 mln drachm (dziś równowartość około 11 tys. euro) - nabył ją Aristotelis Onasis i ponownie zalesił, a obecnie rośnie na niej ponad 200 różnych gatunków drzew. Drobny piasek na stworzenie kilku prywatnych plaż sprowadzono z wyspy Salaminy, zaś w celu doprowadzenia wody pitnej na Skorpios, wybudowano wodociąg z ujęcia na pobliskiej prywatnej wysepce. Znajdują się tutaj trzy rezydencje, lądowisko dla helikopterów i nabrzeża dla łodzi. 20 października 1968 Skorpios było miejscem ślubu Aristotelisa Onasisa z Jacqueline Kennedy. W latach 60. XX wieku wyspę odwiedzało wielu ówczesnych celebrytów. Onasis spoczął tu po śmierci w wybudowanym dla niego mauzoleum. Wyspa była tymczasowo zamieszkana przez rodzinę właścicieli i ich około 600 pracowników. Jednak w 2001 r. zarejestrowano na niej tylko 2 osoby, a spis ludności z 2011 r. pokazał 1 formalnego mieszkańca wyspy. Koszty utrzymania Skorpios wynosiły około 1,5 mln euro rocznie. Po śmierci Onasisa, wyspa została przekazana jego córce Christinie (zm. 19 listopada 1988), a następnie jej córce Athinie. W kwietniu 2013 r.