Fabuła Air/Magokoro wo, kimi ni i fabuła serialu wydają się rozbiegać pod koniec 24. odcinka serii. W serialu odcinki 25. i 26. składają się z introspekcji postaci, natomiast w filmie ukazane są zdarzenia w „realnym” świecie. Hideaki Anno pozostawił zakończenia wolne do interpretacji: jasne jest, że Shinji w końcu przemaga swoje problemy i akceptuje bycie z innymi ludźmi, ale pozostaje niewyjaśnione, czy Dopełnienie dobiega końca. W Air/Magokoro wo, kimi ni Shinji jest bezpośrednio związany z inicjacją projektu, jednak ostatecznie odrzuca wzięcie w nim udziału.
Postacie
Głównym bohaterem serii jest Shinji Ikari, nieśmiały czternastolatek, który zostaje pilotem evy. Innymi pierwszoplanowymi postaciami są pilotujące evangeliony koleżanki z klasy Shinjiego: cicha, często oskarżana o bycie nieuczuciową Rei Ayanami i dumna, rudowłosa Asuka Langley Sōryū. Ponadto ważną rolę w serii spełnia ojciec Shinjiego, komendant NERV-u, Gendō Ikari, odpowiadająca za strategię i taktykę Misato Katsuragi oraz główny naukowiec, Ritsuko Akagi.
Hideaki Anno uważa, iż Evangelion stanowi próbę połączenia wszystkich punktów widzenia w jeden poprzez stworzenie postaci, które reprezentują różne rzeczy dla różnych odbiorców.