Eridu ponownie nabrało znaczenia w okresie wczesnodynastycznym (ok. 2500 p.n.e.), kiedy to jeden z władców z I dynastii z Ur lub miejscowy gubernator wzniósł na Tellu 2 duży pałac składający się z dwóch identycznych budynków. W okresie Ur III (ok. 2112-2004 p.n.e.) na głównym tellu wzniesiony został zigurat. Prace nad nim, rozpoczęte przez Ur-Nammu, założyciela III dynastii z Ur, ukończył Amar-Suen. Nie ma jednak dowodów na to, że poza ziguratem wzniesione tu też zostały jakiekolwiek inne budowle, a samo Eridu stało się czymś więcej niż centrum religijnym i ceremonialnym. Na podstawie pewnych przesłanek zawartych w hymnach królewskich z tego okresu niektórzy badacze zakładają, że rytuały koronacyjne władców z III dynastii z Ur mogły być przeprowadzane właśnie w Eridu. Późniejsze prace budowlane w Eridu prowadził Nur-Adad (1865-1850 p.n.e.), król Larsy. W kolejnych wiekach Eridu popadło jednak z zapomnienie i zostało porzuconeLeick G., Mesopotamia. The Invention..., s. 19.. Za rządów Hammurabiego (1792-1750 p.n.e.) cały personel świątynny z Eridu przeniesiony został do Ur, gdzie na potrzeby kultu boga Enki (Ea) przekazano jedną z kaplic z kompleksie świątynnym boga Szamasza.