W 1980 roku zrealizowano projekt utworzenia ośrodka badawczego powołując Ośrodek Badań Historii Wojskowej w Białymstoku prowadzący badania naukowe i zajmujący się działalnością wydawniczą.
W 2010 nastąpiła zmiana dyrektora Muzeum. Dotychczasowego prof. dr hab. Krzysztofa Filipowa zastąpił mgr Robert Sadowski. Przystąpił on do zmiany ekspozycji i charakteru działalności Muzeum. W 2010 zaczęto organizować Muzeum Pamięci Sybiru, jako filię dotychczasowej instytucji.
Ekspozycje stałe
thumb|240px|Fragment ekspozycji pt. „Przeciw dwóm wrogom. Militarne dzieje Podlasia i jego mieszkańców w latach 1939-1956” „Przeciw dwóm wrogom. Militarne dzieje Podlasia i jego mieszkańców w latach 1939-1956” – wystawa prezentuje podlaskie epizody II wojny światowej. Poszczególne dioramy: statyczne i dynamiczne prezentują: Wrzesień 1939 – pierwsza diorama to naturalnej wielkości wycinek polskiego okopu z kampanii wrześniowej. Przedstawia ona obronę łomżyńskiego 33. pułku piechoty pod Nowogrodem 8-10 września; Dwóch wrogów – część dioram poświęcona jest żołnierzom armii okupujących tereny Podlasia. Wśród nich można znaleźć żołnierza Armii Czerwonej z oddziałów wkraczających do Białegostoku w 1939 r.