Zdawał sobie jednak sprawę, że wobec zdobycia przez bolszewików ostatniego bastionu białych Władywostoku 25 X 1922 i braku własnych statków jego siły nie mają się dokąd wycofać. W połowie lutego 1923 jego oddziały zostały zatrzymane, a 1–2 marca rozbite koło wsi Amga w pobliżu Jakucka. Była to ostatnia bitwa sił białych z bolszewikami w Rosji. Resztki oddziałów białych zbiegły do Ochocka i Ajanu, gdzie w lipcu desant bolszewików z Władywostoku, dowodzony przez Stiepana Wostriecowa, zmusił Piepielajewa do kapitulacji 17 czerwca 1923.
Generał Piepielajew został początkowo skazany na karę śmierci, jednak po wystosowaniu przez niego prośby o łaskę złagodzono mu karę do 10 lat więzienia. Odbył ją w więzieniu w Jarosławiu. W 1932 otrzymał kolejny wyrok trzech lat; na wolność wyszedł 6 czerwca 1936. Miał obowiązek zamieszkania w Woroneżu, gdzie pracował jako stolarz. W sierpniu 1937 aresztowany powtórnie, skazany w grudniu tegoż roku w Nowosybirsku na karę śmierci i 14 stycznia 1938 stracony. Pochowany w nieznanym miejscu.
Bibliografia Graczew G.P. Грачев Г. П.: Якутский поход генерала Пепеляева. Żurnał Ilin 6 (2005) https://ilin-yakutsk.narod.ru/2005-6/46.htm Konkin P.K. Конкин П. К.: Драма генерала.