Wieczorem następnego dnia ponownie doszło do zamieszek z udziałem ponad 2000 osób. W całej okolicy wybuchały pożary. Do rozpędzania tłumu skierowano 400 policjantów ze specjalnych jednostek porządkowych. Starcia z policją trwały do 4 rano. Zamieszki w mniejszym zakresie wybuchały również w kolejnych dniach. W nocy z 2 na 3 lipca do rozpędzenia tłumu użyto specjalnych jednostek porządkowych i ciężkiego sprzętu. Wybuchło kilka pożarów.

Był to pierwszy wspólny opór społeczności LGBT przeciwko sposobowi traktowania ich przez ówczesne władze.

Po zamieszkach Stonewall został ponownie otwarty w 1972, ale spłonął 2 lata później. W ciągu następnych dwudziestu lat pierwotną przestrzeń na Manhattanie zajmowały różne inne placówki, w tym sklep z kanapkami, chińska restauracja i sklep z butami. Wielu odwiedzających i nowych mieszkańców okolicy nie było świadomych historii budynku ani jego związku z zamieszkami. Na początku lat 90. XX w. Nowy gejowski bar o nazwie po prostu „Stonewall” został otwarty w zachodniej części oryginalnego lokalu.

Budynek został odnowiony pod koniec lat 90. XX w. i stał się popularnym wielopiętrowym klubem nocnym, aż do zamknięcia w 2006.