κωδεια kōdeia ‘głowa’. indicus: ‘indyjski’, od India ‘Indie’.
Ewolucja Zwierzę rozprzestrzeniło się w Azji na granicy pliocenu i plejstocenu 2–3 miliony lat temu. Tapir czaprakowy osiągnął największą liczebność za ostatniego zlodowacenia, kiedy to z morza wynurzył się ląd Sunda. Zwierzę dotarło nań wraz z fauną Siwalik drogą sino-malajską. Porastały go lasy i sawanny. Najwcześniejsze znalezisko pochodzi z Jawy i liczy sobie 800–700 tysięcy lat, ale bytność tapirów malajskich na tym terenie może być znacznie starsza. W środkowym plejstocenie lasy zaczęły ustępować sawannom, ale pomimo środowiska faworyzującego roślinożerców żerujących nisko tapir czaprakowy zdołał przetrwać. Jednak 300–200 tysięcy lat temu populacja znacznie zmalała wobec transgresji morskiej. W późnym plejstocenie znowu zapanowały lasu, co zaowocowało podniesieniem się liczebności populacji. 75 000 lat temu wybuchł superwulkan Toba, w efekcie populacja przeszła efekt wąskiego gardła. Później podniesienie się poziomu wód spowodowało podzielenie tego lądu i rozdzielenie populacji kontynentalnych i wyspiarskich, co zaszło między 10 a 6 tysięcy lat temu.