Uczestnicząc w sezonach 2013/2014, 2014/2015 i 2015/2016 w Lidze Mistrzyń, MKS wygrał jeden mecz, jeden zremisował i 16 przegrał, każdorazowo zajmując ostatnie miejsce w grupie. Jedyne zwycięstwo w tym okresie w LM szczypiornistki z Lublina odniosły 2 listopada 2014, pokonując we własnej hali francuski Metz Handball (35:31). Domowe mecze MKS-u w Lidze Mistrzyń oglądało w sezonach 2013/2014, 2014/2015 i 2015/2016 przeciętnie 2,2 tys. kibiców. W kampanii 2019/2020 lublinianki zakończyły udział na fazie grupowej, nie zdobywając punktu.
W sezonie 2000/2001 MKS Lublin odniósł największy sukces w swojej historii – zdobył Puchar EHF. Zmagania w tych rozgrywkach rozpoczął od trzeciej rundy, następnie przeszedł rundę czwartą i 1/4 finału, w półfinale pokonał Zagłębie Lubin (31:16; 34:24), natomiast w rozegranym 6 i 12 maja 2001 dwumeczu finałowym wygrał z chorwacką Podravką Koprivnica (28:21; 24:24). W Pucharze EHF klub z Lublina dwukrotnie dotarł też do ćwierćfinału – w sezonie 2007/2008 odpadł z niego w tej rundzie po porażce z Dinamem Wołgograd (20:30; 32:29), natomiast w sezonie 2009/2010 przegrał w 1/4 finału z duńskim Randers HK (24:34;