Sieć wodna Obszar Beskidu Sądeckiego należy do dorzecza Dunajca w zlewisku Morza Bałtyckiego. Jedyną większą rzeką przepływającej przez region jest Poprad, natomiast Dunajec opływa go od zachodu i północy, będąc jego granicą. Większość cieków stanowią spływające z gór liczne potoki, płynące dolinami usytuowanymi najczęściej pomiędzy bocznymi grzbietami górskimi. Uchodzą one bezpośrednio do Dunajca lub Popradu bądź za pośrednictwem mniejszych rzek znajdujących się na granicy regionu, takich jak Grajcarek, Kamienica Nawojowska, czy Muszynka. W Beskidzie Sądeckim jest niewiele zbiorników wodnych – są to niewielkie jeziora osuwiskowe, których przykładem jest Młaka w rezerwacie przyrody BaniskaGeologia Beskidu Sądeckiego..
Przyroda Pierwotnie, przed osadzeniem się tutaj ludzi cały Beskid Sądecki porastały lasy. W górach głównie była to buczyna karpacka, w której dominował buk zwyczajny, domieszkę tworzyła jodła pospolita i jawor. Tylko w niektórych miejscach ostały się fragmenty tej niezmienionej przez działalność człowieka pierwotnej puszczy. Jawory są już rzadkie, jednak dawniej musiały występować znacznie częściej. Świadczą o tym pochodzące od jawora liczne nazwy geograficzne, nawet w takich miejscach, gdzie obecnie w ogóle już nie ma tego gatunku.