Na miejsce wyrusza rosyjsko-japońska ekspedycja naukowa, która odnajduje kości pterodaktyla, a także olbrzymie jajo. Naukowcy chcą zabrać duże jajo do Japonii do dalszych badań, jednakże atakuje ich ogromny pterodaktyl Rodan. Jednocześnie na wyspę przybywa Godzilla, która walczy z Rodanem. Korzystając z zamieszania, naukowcy odlatują z jajem do Japonii. Tymczasem Godzilla pokonuje Rodana. Po dotarciu na miejsce po kilku godzinach z jajka wykluwa się młode Godzilli. Okazuje się, że jajo było podrzucone przez Godzillę do gniazda Rodana. Wkrótce Japonię atakuje Godzilla, która upomina się o swojego potomka. Do akcji wkracza Mechagodzilla. Podczas walki wydaje się, że Mechagodzilla wygrywa, jednak Godzilla uszkadza robota i kontynuuje poszukiwania syna. W końcu go odnajduje, jednak odczuwając jego strach, oddala się. Korzystając z chwili spokoju, Mechagodzilla zostaje poddana naprawie. Zmodyfikowana zostaje też nieużywana do tej pory Garuda, która będzie wspierać Mechagodzillę, a także będzie mogła się z nią połączyć, tworząc Super Mechagodzillę. Przy okazji ekipa badawcza przetrzymuje dziecko Godzilli, które zostało nazwane Baby. Wynikiem badań jest odkrycie słabego punktu Godzilli będącym w jego ciele. Załoga Mechagodzilli szykuje się do ostatecznego pokonania Godzilli.