Płynąc na północ od Sajanów do Oceanu Arktycznego, wody Jeniseju pokonują wszystkie strefy klimatyczne Syberii, dzięki czemu u brzegów jednej rzeki są w stanie żyć wielbłądy i niedźwiedzie polarne.
Przez pierwsze 188 km Jenisej określany jest mianem Górskiego (). Meandrując przez Kotlinę Tuwińską, dzieląc się krótkotrwale na odnogi oraz pokonując liczne brody, szerokość rzeki waha się od 100 do 650 m, głębokość od 4 do 12 metrów, zaś na brodach spada nawet do jednego metra. Za miejscowością Szagonar rozpoczyna się zbiornik retencyjny spiętrzony zaporą Sajańsko-Szuszeńskiej Elektrowni Wodnej. Po połączeniu z rzeką Ciemczik, Jenisej skręca z zachodu na północ, by przez 290 km przebijać się przez Kotlinę Minusińską oraz góry Sajanu Zachodniego, w międzyczasie napotykając mniejszą Majnską Elektrownię Wodną. Od ujścia Abakanu rozpoczyna się długi na 360 km Zbiornik Krasnojarski, utworzony na potrzeby Krasnojarskiej Elektrowni Wodnej.