Sądzono, że nieprawidłowe funkcjonowanie ośrodków mózgu, w których występują neurony lustrzane, może być jedną z przyczyn zaburzeń w spektrum autyzmu, schizofrenii, dyspraksji, jednak zaprzeczyły temu późniejsze badania w których stwierdzono, że osoby autystyczne nie wykazują dysfunkcji neuronów lustrzanych, a wraz ze sformułowaniem problemu podwójnej empatii błędna okazała się interpretacja, jakoby osoby autystyczne cechowało upośledzenie teorii umysłu.
Kontrowersje W 1998 Gallese i filozof Alvin Goldman przedstawili hipotezę, że neurony lustrzane odpowiedzialne są za rozpoznawanie stanów mentalnych innych osób w ramach procesu symulacjiGallese V, Goldman A. Mirror neurons and the simulation theory of mind-reading. Trends Cogn Sci. 1998 Dec 1;2(12):493-501. doi: 10.1016/s1364-6613(98)01262-5. PMID: 21227300.. Teoria symulacji opisuje proces mózgowy odpowiedzialny za mind-reading w trzech krokach: (i) obserwowany ruch łączy się z aktywacją własnego systemu motorycznego, (ii) zamiar jest mi, gdyż reprezentowany jest on automatycznie; (iii) przypisuję te same zamiary obserwowanym osobomHickok G. Eight problems for the mirror neuron theory of action understanding in monkeys and humans. J Cogn Neurosci. 2009 Jul;21(7):1229-43. doi: 10.1162/jocn.2009.21189. PMID: 19199415;