Sieyès miał znaczny wpływ na ukształtowanie nowego podziału administracyjnego Francji na departamenty. Jednak, począwszy od wiosny 1790 roku, zaczął tracić na znaczeniu na rzecz innych polityków. Tylko jednokrotnie wybrano go na urząd prezesa Zgromadzenia Konstytucyjnego (pełnił tę funkcję przez dwa tygodnie).
Podobnie jak pozostali członkowie Konstytuanty, Sieyès został wykluczony z Legislatywy na mocy zarządzenia (zaproponowanego przez Maximilliana Robespierre’a), zgodnie z którym żaden z przedstawicieli Zgromadzenia nie mógł uczestniczyć w nowym ciele ustawodawczym. Sieyès pojawił się ponownie na scenie politycznej w trzecim Zgromadzeniu Narodowym, znanym również jako Konwent Narodowy Republiki Francuskiej (wrzesień 1792 – wrzesień 1795). Opowiadał się za karą śmierci dla Ludwika XVI. Wbrew temu, co mu przypisywano, nie odnosił się do monarchy w sposób lekceważący. W obliczu zagrożenia rządami terroru, Sieyès wyparł się nawet swojej wiary w okresie upowszechniania kultu rozumu. Później uzasadnił swoje postępowanie w okresie terroru słynnym zdaniem: Przetrwałem (J’ai vécu – dosłownie Żyłem).