W sezonie 2003/2004 przechodził wyraźny kryzys formy - jego najlepszym wynikiem było dziewiąte miejsce w Gundersenie 30 grudnia 2003 roku w Oberhofie. W klasyfikacji końcowej zajął 39. miejsce. Do czołówki powrócił już w sezonie 2004/2005, w którym zajął szóste miejsce. Trzykrotnie stawał na podium: 12 lutego w Pragelato był trzeci w sprincie, 4 marca 2005 roku w Lahti był drugi w sprincie, a dzień później wygrał zawody metodą Gundersena. W lutym wziął udział w mistrzostwach świata w Oberstdorfie, gdzie wspólnie z Haseneyem, Hettichem i Ackermannem zdobył srebrny medal w sztafecie. Ponadto srebro zdobył także w Gundersenie, ulegając Ackermannowi o 1,2 sekundy. W sprincie Kircheisen zajął czwarte miejsce, przegrywając walkę o brązowy medal z Kristianem Hammerem z Norwegii.
Ponownie na trzecim stopniu podium klasyfikacji generalnej Pucharu Świata Niemiec stanął w sezonie 2005/2006. Początkowo Björn osiągał przeciętne wyniki, plasując się często w drugiej lub trzeciej dziesiątce. Pierwszy raz na podium stanął dopiero w drugiej części sezonu, 22 stycznia 2006 roku w Harrachovie, gdzie zajął drugie miejsce w Gundersenie. Był to jeden z ostatnich konkursów PŚ przed igrzyskami olimpijskimi w Turynie. Na igrzyskach tych indywidualnie zajął siódme miejsce zarówno w sprincie jak i Gundersenie.