Pojawiły się plany rozbudowy, lecz konserwator zabytków nie zgodził się na rozbudowę.
W 2003 przeprowadzony został remont dachu; zmieniono wtedy dach blaszany na gontowy. W 2005 przeprowadzono remont generalny. Został on zrealizowany przy pomocy środków finansowych: Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego w ramach programu operacyjnego "dziedzictwo kulturowe", priorytet 1: "Rewaloryzacja zabytków nieruchomych i ruchomych; Funduszu Kościelnego Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i Administracji, Urzędu Marszałkowskiego Województwa Podlaskiego, sponsorów prywatnych, budżetu Muzułmańskiej Gminy Wyznaniowej Bohoniki.
22 października 2012 roku zarządzeniem Prezydenta RP meczet został uznany za pomnik historiiZarządzenie Prezydenta RP z dnia 22 października 2012 ().
Meczet zachował oryginalne rozplanowanie i bryłę oraz funkcję. Podczas przeprowadzonych remontów wymieniano tylko uszkodzone elementy z użyciem naturalnych materiałów: drewnianych bali, szalunku, gontu, blachy miedzianej i drewnianej stolarki.
Architektura Jest to prosta budowla drewniana o kubaturze 460 m³ zbudowana na planie prostokąta o wymiarach 11,49 m × 8,03 m o konstrukcji zrębowej.