Do jego zlewni należy wschodnia część Kotliny Liptowskiej i Kotlina Popradzka wraz z przyległymi częściami pasm górskich otaczających te kotliny: Magury Spiskiej, Tatr Zachodnich i Bielskich, Gór Lewockich i Gór Czerchowskich.
Cała pozostała część Słowacji należy do zlewni Dunaju, który jest największą i najważniejszą rzeką Słowacji. Słowacja ma dostęp do Dunaju na długości 172 km (od ujścia Morawy do ujścia Ipoli), z czego 7,5 km przypada na granicę słowacko-austriacką, na odcinku 22,5 km Dunaj płynie przez Słowację, po czym przez 142 km tworzy granicę słowacko-węgierską. Bezpośrednio do Dunaju uchodzą rzeki zachodniej i środkowej Słowacji, które na terenie tego kraju mają zarówno źródła, jak i ujścia – najdłuższą z nich jest Wag (403 km). Rzeki Słowacji wschodniej (w przybliżeniu na wschód od południka Tatr) należą do subzlewni Cisy. Cisa przepływa przez Słowację tylko na odcinku 6,5 km, gdzie tworzy granicę z Węgrami. Ujścia rzek wschodniej Słowacji znajdują się więc poza granicami Słowacji.