Ciekawym doświadczeniem dla Mario Andračicia były wspólne występy w sezonie 2000/2001 na pomocy wraz ze słynnym Robertem Prosinečkim. Sezon ten dla ekipy "Czarnych Żołnierzy" był nieco bardziej udany niż poprzedni. Ten bowiem piłkarze Hrvatskiego Dragovoljaca zakończyli na 9. miejscu, ale i tak uplasowali się w strefie spadkowej ligi chorwackiej. W Pucharze Chorwacji Chorwacki Związek Piłki Nożnej wprowadził zasady, dzięki którym pierwszoligowcy, którzy gorzej radzili sobie w poprzedniej edycji Pucharu Chorwacji muszą rozpoczynać swój start w Pucharze od pierwszej rundy. Tak też było i w przypadku Maria i jego ekipy, którym tym razem nieco lepiej się powiodło. Dotarli do ćwierćfinału, gdzie spotkali się z Hajdukiem Split. W pierwszym spotkaniu Hrvatski sprawił pewną niespodziankę, remisując po wyrównanym spotkaniu 2:2. W rewanżu rozgrywanym w Splicie na stadionie Poljud Hrvatski Dragovoljac został zmiażdżony przez Hajduk, który triumfował 5:0. Sezon ten był udany dla Andračicia, który w 25 spotkaniach swojej drużyny strzelił aż 3 gole. W międzyczasie zatrudnionego na początku sezonu Milivoja Bračuna zastąpił inny szkoleniowiec, Predrag Jurić, z którym Mario Andračić nie mógł dojść do porozumienia.