Rutan karierę zawodową rozpoczął w 1965 jako pracownik cywilny Sił Powietrznych USA. Do 1972 pracował jako inżynier do spraw lotów testowych w Bazie Sił Powietrznych Edwards w Kalifornii. Następnie wyjechał do Newton w stanie Kansas, gdzie pracował nad samolotem BD-5 dla firmy Bede Aircraft. W czerwcu 1974 powrócił do Kalifornii, by na pustyni Mojave utworzyć swoją pierwszą firmę. Nazywała się ona Rutan Aircraft Factory (RAF) i miała na celu projektowanie i budowę małych ultralekkich samolotów. W kwietniu 1982 Rutan przekształcił RAF w Scaled Composites, LLC i został prezesem jej zarządu. W 1982 Scaled Composites zawarła kontrakt z Beech Aircraft Corporation na budowę prototypu samolotu Beechcraft 2000 Starship. Efektem pracy Burta Rutana w swojej firmie był szereg bardzo udanych i innowacyjnych konstrukcji lotniczych:
Burt Rutan odszedł z firmy Scaled Composites w kwietniu 2011„Los Angeles Times”, Aerospace legend Burt Rutan ready for a landing.