Pod koniec 2008 roku niezależni kalifornijscy specjaliści ds. bezpieczeństwa, we współpracy z ekspertami z Centrum voor Wiskunde en Informatica, Technische Universiteit Eindhoven oraz Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne odkryli lukę w MD5 umożliwiającą podrobienie dowolnego certyfikatu SSL w taki sposób, że zostanie on zaakceptowany przez wszystkie popularne przeglądarki internetowe. Do podrobienia certyfikatu wystarczyła moc obliczeniowa 200 konsol do gier PlayStation 3MD5 considered harmful today..
Od lat 90. MD5 nie jest uważany za bezpieczny do większości zastosowań i w jego miejsce zaleca się stosowanie algorytmów z rodziny SHA-2 lub SHA-3.
Algorytm thumb|250px|Schemat algorytmu MD5 Algorytm MD5 jest następujący: Doklejenie do wiadomości wejściowej bitu o wartości 1 Doklejenie takiej ilości zer, by ciąg składał się z 512-bitowych bloków i ostatniego niepełnego – 448-bitowego Doklejenie 64-bitowego (zaczynając od najmniej znaczącego bitu) licznika oznaczającego rozmiar wiadomości;