W 1936 r., gdy uświadomiono sobie możliwość zagrożenia przez niemiecką nawałę pancerną od zachodu i północy, Sztab Generalny Wojska Polskiego opracował nową koncepcję wykorzystania Twierdzy i jej umocnień, uznając znaczenie fortyfikacji ziemnych jako stanowisk baterii artylerii przeciw czołgom, chronionych głębokimi fosami nie do przebycia. Podjęto wówczas decyzję, że tereny te należy traktować jak ufortyfikowane obszary przeciwpancerne. Zapadły decyzje o ochronie fortów i zakazie budowy obiektów w ich bezpośredniej bliskości, ale aż do wiosny 1939 r. praktycznie nic więcej w sferze obronnej nie wykonano.
Plan „Z” wojny z Niemcami wyznaczał Modlinowi rolę przedmościa na głównej linii obrony.
Przygotowania do obrony Krótko przed wybuchem konfliktu z Niemcami wybudowano w Twierdzy w obrębie wewnętrznego pierścienia fortów na północnym brzegu Bugo-Narwi i Wisły 5 lub 6 małych schronów bojowych na 2 ciężkie karabiny maszynowe każdy. Wykonano odcinki rowów przeciwpancernych i szereg ziemnych umocnień polowych. Niektóre umocnienia (np. prochownie) wykorzystano na schrony przeciwlotnicze oddziałów armijnych. Dostosowano również tradytory niektórych fortów do ówczesnej artylerii, np. w forcie III. W lipcu i sierpniu 1939 r. na przedpolu Modlina 8 batalion saperów pod dowództwem mjr.