12 stycznia 1919 w Ostrowi Mazowieckiej–Komorowie została utworzona kompania pionierów przy Dywizji Litewsko-Białoruskiej pod dowództwem ppor. inż. Mieczysława Machajskiego. W lutym tego kompania wyrusza na front. 24 lutego w walce pod Potokiem i Różanką odnosi zwycięstwo biorąc jeńców i karabiny maszynowe. Następnie chlubnie wywiązała się z zadania obrony przedmościa pod Zelwianami. W kwietniu i maju 1919 kompania budowała mosty przez Dzitwę na linii Mosty–Lida oraz w Orlonce, na Gawii, Żyźmi i szeregu mniejszych. W lipcu kompania wzięła udział w wypadzie pociągu pancernego „Śmiały”. W tym czasie kompania, jako trzecia została włączona w skład batalionu mostowego saperów.

Poszczególne pododdziały batalionu wzięły udział w wojnie z bolszewikami.

Od 1922 batalion stacjonował w Kazuniu, w Forcie VII Twierdzy Modlin, natomiast kompania żeglugi była zakwaterowana na terenie Stoczni Marynarki Wojennej w Modlinie. Magazyny mobilizacyjne mieściły się w Spichlerzu. Do 1929 był jednostką samodzielną. W latach 1929–1934 wchodził w skład 1 Brygady Saperów, a od 1934 – 3 Brygady Saperów.