Boczne przejście z kruchty prowadzi do krużganka, ograniczającego od południa wirydarz klasztorny i zamkniętego ścianą z wejściem do zakrystii. Nad drzwiami prowadzącymi z kruchty do nawy znajduje się tablica z czarnego marmuru poświęcona Janowi Kamińskiemu (zm. 1831). Po prawej stronie od wejścia do nawy wisi łaskami słynący, nadnaturalnej wielkości krucyfiks barokowy z ok. 1630. W 2003, w 80. rocznicę przybycia pasjonistów do Przasnysza, obok figury Ukrzyżowanego umieszczono tablicę pamiątkową.
Nawa i prezbiterium kościoła nakryte są kolebkowym sklepieniem, z gwiaździstą siatką żeber. Spływy sklepienia wspierają się w nawie na filarach przyściennych, w prezbiterium zaś – na pilastrach. Sklepienie zostało w znacznej mierze zrekonstruowane po zniszczeniach I wojny światowej. Polichromie w kościele wykonali w l. 1952–1953 Jerzy Hoppen i Kazimierz Kwiatkowski. Autorstwa K. Kwiatkowskiego są również obrazy na ścianie tęczowej (w tym Serce Jezusa po prawej stronie nawy z namalowaną w tle sylwetą kościoła i klasztoru) oraz głowy ewangelistów na ambonie wykonanej w 1952 według projektu o. Stanisława Michalczyka. Witraże w prezbiterium wykonał w l. 1950–1953 Stanisław Powalisz.