W 1986 ponownie był kandydatem ludowców w wyborach prezydenckich. W pierwszej turze głosowania dostał 49,6% głosów. W drugiej otrzymał 53,9% głosów, wygrywając z Kurtem Steyrerem. W marcu tegoż roku, jeszcze przed wyborami, ujawniono fakt przynależności Kurta Waldheima do NSDStB i SA, a także jego służbę na Bałkanach pod dowództwem Alexandra Löhra. Sam polityk w swojej biografii ukrywał te fakty, wskazując tylko na służbę w okolicach Triestu pod koniec wojny. Upublicznienie tych informacji wywołało liczne kontrowersje i dyskusje. Wskazywano, że musiał wiedzieć o różnych zbrodniach wojennych, w tym deportacjach greckich Żydów czy masakrach na terenie Jugosławii. Wyrażano przypuszczenia, że sam również mógł brać udział w zbrodniach wojennych. Już po wyborach kanclerz Franz Vranitzky powołał międzynarodową komisję, która nie znalazła dowodów jego udziału w zbrodniach wojennych.
Kurt Waldheim urząd prezydenta objął w lipcu 1986. Ujawnienie jego przeszłości spowodowało, że był traktowany jako persona non grata w większości państw. W konsekwencji w czasie swojej prezydentury jako głowa państwa oficjalnie odwiedził tylko kraje arabskie oraz Watykan. W 1992 nie ubiegał się o reelekcję, kończąc urzędowanie w lipcu tegoż roku.