Została nazwana Dowództwem Floty.
Właściwa gra rozpoczyna się w momencie, gdy ukończony Statek Matka opuszcza orbitalną stocznię, w której został zbudowany. Kushanie przeprowadzają próbę hipernapędu, zamierzając dokonać skoku do obrzeży układu Kharak, gdzie wcześniej został wysłany statek „Khar-Selim”, poruszający się z prędkością podświetlną, który miał następnie oczekiwać przybycia Statku Matki. Skok nadprzestrzenny kończy się powodzeniem, ale na miejscu Kushanie odnajdują tylko wrak „Khar-Selima” oraz flotę nieznanych napastników – Najeźdźców Turanickich (ang. Turanic Raiders). Po odparciu ich ataków, Statek Matka dokonuje powrotnego skoku na Kharak. Na miejscu Kushanie odkrywają, iż ich planeta została w międzyczasie zaatakowana i zniszczona. Nikt nie przeżył ataku, z wyjątkiem kilkuset tysięcy osób, zahibernowanych w specjalnych kapsułach hibernacyjnych na orbicie. Nieliczni ocaleni Kushanie opuszczają zniszczoną ojczyznę, wyruszając w drogę do Hiigary.