Po tym jak Joachim II został w 1535 r. elektorem, rozpoczął przebudowę leżącego na południe od zamku kościoła dominikańskiego na nowy kościół zamkowy. Dominikanie zostali przesiedleni do Brandenburga. Średniowieczny gotycki, ceglany kościół Dominikanów został rozbudowany, drogo wyposażony, przygotowano miejsca na groby możnowładców oraz zainstalowano dzwonnice. Nowa kolegiata została poświęcona w 1536 r. W 1539 r. Joachim II przeszedł na protestantyzm, a katolicka kolegiata, w efekcie wprowadzenia w Brandenburgii reformacji, stała się kolegiatą ewangelicką. W 1608 r. rozwiązano kapitułę kolegiaty, a ona sama stała się głównym kościołem parafialnym Cölln.
Kiedy ten gotycki kościół nadawał się tylko do rozbiórki, z rozkazu Fryderyka II rozpoczęto w latach 1747-1750 budowę nowej, barokowej świątyni w Lustgarten, w miejscu, w którym stoi dzisiejsza katedra. Po przeniesieniu grobów książąt do nowej katedry, stara świątynia została rozebrana. Architektem nowej świątyni był Holender Johann Boumann starszy.