Niektórzy odnoszą wrażenie, że autor wskazuje na siebie w J 21,2 jako na jednego z dwóch anonimowych uczniów. Ewangelia odróżnia dwóch anonimowych uczniów względem trzech apostołów wymienionych imiennie (Piotr, Tomasz, Natanael) oraz dwóch synów Zebedeuszowych. Z drugiej strony próbowano dowodzić, że ostatni rozdział Ewangelii Jana został dodany po śmierci autora, aby wyjaśnić dlaczego „uczeń umiłowany” umarł.
Nie można jednoznacznie określić środowiska teologicznego, w którym działał autor czwartej teologii. Zarówno judaizm, jak i hellenizm, wskazywane we wczesnych badaniach, nie były nurtami jednolitymi. Autor korzystał z myśli judaizmu rabinicznego, od którego przejął szacunek dla patriarchów, Mojżesza i Prawa, wskazując jednak na jego ograniczoność (J 1,17). Wyraźne są również związki z judaizmem heterodoksyjnym – wskazuje się na podobieństwo do qumrańskiego dualizmu. Dostrzegano także wpływy mandaizmu (R. Bultmann) i hermetyzmu. Przy wszystkich podobieństwach do teologii tych ruchów, myśl teologiczna Ewangelii Jana jest odrębna i integralnie chrześcijańska. Sądzi się, że wspomniane nurty stanowiły dla ewangelisty raczej źródło terminologii niż idei.