Podobnie jak w przypadku oryginalnych manuskryptów innych Ewangelii, tak i manuskrypt Ewangelii Jana nie zachował się. Był napisany na papirusie, nietrwałym materiale, który przetrwać może jedynie w klimacie tak suchym jak klimat piaszczystego Egiptu. Najstarszy znany zachowany fragment Ewangelii Jana to papirus Rylandsa (oznaczony jako ), zawierający grecki tekst Ewangelii 18,31-34 z jednej strony i J 18,37-38 z drugiej. Według oceny uczonych jest to kopia powstała ok. 130 r. To iż papirus został znaleziony w Górnym Egipcie świadczy o popularności i rozprzestrzenianiu się tekstu Ewangelii i powszechnym jego kopiowaniu już na początku II w. W tym czasie Ewangelia była także tłumaczona na Łacinę, syryjski i koptyjski. Najstarsze kompletne zachowane manuskrypty są kopiami wykonanymi w IV w. na pergaminiePor. .
Miejsce powstania thumb|Początek Ew. Jana w minuskule 114 (Gregory-Aland) Według tradycji, której pierwszym wyrazicielem był Ireneusz, Ewangelia Jana powstała w Efezie. Większość współczesnych biblistów określa jej miejsce powstania na Efez, a czas na ok. roku 90. Na rzecz efeskiego pochodzenia przemawia fakt, że Ewangelią Jana posługiwali się montaniści.