Z drugiej strony niektórzy egzegeci zwracają uwagę na możliwość pomylenia przez Ireneusza Jana-prezbitera z Janem-apostołem.
XIX-wieczni bibliści (Bretschneider, Strauss, szkoła tybingeńska) podważyli pogląd o pochodzeniu czwartej Ewangelii od Jana Apostoła, a głosy tradycji uznali za niewielkiej wartości. Datę jej powstania na ogół wyznaczano na koniec II wieku. Podstawą tych twierdzeń była chrystologia rozwinięta do tego stopnia, że zdaniem owych biblistów nie mogła pochodzić sprzed II wieku. Zauważali też wpływy filozofii greckiej, pewne podobieństwa do spekulacji gnostyków (życie, światło). W.G. Kuemmel argumentował, że używanie terminów gnostyckich w Ewangelii Jana wyklucza możliwość, by pisał ją naoczny świadek. Odkrycie rękopisów qumrańskich pokazało jednak, że owe spekulacje istniały jeszcze przed rokiem 70 i tym samym nie ma potrzeby, by z tego powodu datować czwartą Ewangelię na II wiek.