Konflikty występowały z Siłami Zbrojnymi Niezależnego Państwa Chorwackiego, z którymi Korpus był de iure w sojuszu. Ich tłem były ataki Chorwatów na serbskie wioski.
Konflikt gen. B. Sztejfona z niemieckim dowództwem doprowadził do wywalczenia kilku ustępstw wobec Korpusu. Jednym z nich było wyposażenie formacji w niemieckie mundury, innym zaś nieprzysięganie przez żołnierzy na wierność Adolfowi Hitlerowi. Udało mu się też uzyskać pozwolenie na wysłanie swoich przedstawicieli na okupowane obszary sowieckie i zwerbowanie nowych ochotników. Tą drogą wśród sowieckich jeńców wojennych i cywilów pozyskano ok. 5 tys. ludzi, przetransportowanych następnie do Serbii.
W 1944 r. Niemcy nakazali Korpusowi ochraniać ich odwrót z Grecji. We wrześniu tego roku, po kapitulacji Bułgarii i Rumunii, Korpus stanął naprzeciw nie tylko oddziałów partyzanckich J.B. Tity, ale też regularnych oddziałów Armii Czerwonej, z którymi współdziałały teraz jednostki bułgarskie i rumuńskie (m.in. uczestniczył w obronie Belgradu, a następnie walkach z partyzantami w Bośni). W ciągu kilku miesięcy słabo wyposażony i uzbrojony Korpus w ciężkich walkach z nimi stracił blisko 1/3 swego stanu liczbowego. 10 października 1944 r. Korpus przemianowano na Rosyjski Korpus w Serbii. Pod koniec grudnia przeszedł na obszar Chorwacji.