Prywatne miasto szlacheckie, własność kasztelanowej krakowskiej Anny z Sieniawskich Jordanowej, położone było w 1595 roku w powiecie sądeckim województwa krakowskiegoWojewództwo krakowskie w drugiej połowie XVI wieku ; Cz. 2, Komentarz, indeksy, Warszawa 2008, s. 108.. Z praw miejskich rajcowie miejscy zrezygnowali w 1934 r. W latach 1975–1998 Zakliczyn administracyjnie należał do woj. tarnowskiego. Pod koniec lipca 2005 Rada Ministrów podjęła decyzję o przywróceniu praw miejskich Zakliczynowi z dniem 1 stycznia 2006 roku.
Z Zakliczyna pochodził Mikołaj Jordan (słow. Mikuláš Jordán), od 19 lutego 1506 starosta spiski. Zygmunt Scypion Tarło, kasztelan sądecki, z grupą wybitniejszych osobistości pisał do papieża Grzegorza XV, aby pozwolił franciszkanom reformatom osiedlić się w Polsce. Gdy ci przybyli do kraju, jako pierwszy wystąpił w 1621 roku z propozycją wystawienia im klasztoru w Zakliczynie nad Dunajcem. Zakonnicy przybyli 19 czerwca 1622 roku wprowadzeni przez syna fundatora Andrzeja Tarłę. Pierwsze zabudowania klasztorne były drewniane. W latach 1645–1651 drugi syn fundatora, Zygmunt Aleksander Tarło, kasztelan przemyski, razem z żoną Elżbietą z Kostków (krewną św. Stanisława), polecił wystawić murowany kościół i klasztor pw.