Rząd Andriusa Kubiliusa przetrwał całą czteroletnią kadencję. W wyborach w 2012 premier po raz kolejny został wybrany do Sejmu, popierające go ugrupowania znalazły się jednak w opozycji. Urzędowanie zakończył ostatecznie 13 grudnia 2012, gdy parlament zaakceptował program rządowy nowego premiera Algirdasa Butkevičiusa.
W wewnątrzpartyjnych wyborach w kwietniu 2013 po raz szósty z rzędu wybrany na przewodniczącego TS-LKD. Ustąpił z tej funkcji w 2015, w kwietniu tegoż roku partyjne wybory na to stanowisko wygrał Gabrielius Landsbergis. W 2016 Andrius Kubilius utrzymał mandat poselski na kolejną kadencję. W 2019 został natomiast wybrany na eurodeputowanego IX kadencji. W 2024 z powodzeniem ubiegał się o reelekcję w kolejnych wyborach europejskich.
We wrześniu 2024 Ursula von der Leyen ogłosiła jego nominację na komisarza ds. obrony i przestrzeni kosmicznej w nowo tworzonej Komisji Europejskiej. Został zatwierdzony na tej funkcji w listopadzie tegoż roku (z kadencją od 1 grudnia 2024).