W 2005 sejmowa komisja specjalna uznała, iż Artūras Zuokas jest tożsamy z osobą o pseudonimie abonent, która miała przyjmować korzyści majątkowe od prywatnej firmy. Mer Wilna nie został w tej sprawie oskarżony, „afera abonamentowa” doprowadziła jednak do rozpadu koalicji rządzącej miastem (wycofali się z niej konserwatyści) i rozłamu w partii. Z klubu parlamentarnego wystąpiło około połowy posłów, tworząc później Ruch Liberalny Republiki Litewskiej.
W 2007 po raz trzeci wszedł do wileńskiego samorządu, tracąc jednak stanowisko burmistrza. Mandat radnego został mu odebrany na początku 2008, gdy wyrokiem sądowym uznano go za winnego korumpowania jednego z radnych.
W wyborach parlamentarnych w tym samym roku bez powodzenia kandydował w okręgu jednomandatowym, wszedł jednak do Sejmu z listy partyjnej liberałów i centrystów, której był liderem. Wprowadził swoje ugrupowanie do koalicji rządowej. W czerwcu 2009 po porażce partii w wyborach europejskich zastąpił go Gintautas Babravičius. W listopadzie 2009 Artūras Zuokas zrezygnował z mandatu deputowanego, motywując to swoim sprzeciwem wobec prowadzonej polityki i odrzucenia proponowanych przez niego zmian w podatku VAT.