W czasie okupacji niemieckiej pod koniec wojny, kiedy zainstalowano na Węgrzech skrajnie antysemicki i prohitlerowski marionetkowy rząd Ferenca Szálasiego, Lantos brał udział w ruchu oporu (już przedtem był politycznie nastawiony przeciwko nazistom i ich sprzymierzeńcom). Przypłacił to aresztowaniem, wysiedleniem i pobytem w obozie koncentracyjnym, gdzie zmuszany był do pracy. Lantos był jedynym ocalałym więźniem kacetu, który kiedykolwiek zasiadał w amerykańskim Kongresie. Dwukrotnie próbował ucieczki, uważając, jak sam potem powiedział, iż „nie ma nic do stracenia”. Za drugim razem udało mu się powrócić do Budapesztu.
Przetrwać pomógł mu w dużej mierze „aryjski” wygląd (blond włosy i niebieskie oczy), a także pomoc szwedzkiego dyplomaty Raoula Wallenberga, który korzystając ze swej pozycji i wynikających z niej uprawnień, uratował wielu Żydów od zagłady, umieszczając ich (m.in. Lantosa i jego ciotkę) pod ochroną ambasady.
Mimo iż Lantos nigdy osobiście nie poznał swego wybawcy, kiedy został kongresmenem w dowód uznania przeforsował uchwałę nadającą mu honorowe obywatelstwo USA i wzywającą do wyjaśnienia jego dalszych losów w ZSRR.
Po wojnie Tom Lantos rozpoczął studia na uniwersytecie w Budapeszcie (1946).