W 1970 klub zmienił nazwę na Awtomobilist Krasnojarsk.
W 1990 i 1991 występował w Drugiej Niższej Lidze.
W Mistrzostwach Rosji już jako Mietałłurg Krasnojarsk startował w Pierwszej Lidze, grupie Wschodniej, w której występował dwa sezony, a potem kolejne dwa sezony w Drugiej Lidze, grupie Wschodniej.
W 1996 klub na rok powrócił do Pierwszej Ligi, ale zajął przedostatnie 21. miejsce i został oddelegowany z powrotem. Klub kolejne dwa lata spędził w Drugiej Lidze, grupie Wschodniej i od 1999 już na dłużej zagościł w Pierwszej Dywizji.
Od 2003 klub występwał w Drugiej Dywizji, grupie Wschodniej, z wyjątkiem 2006, kiedy to jeden sezon zagrał w Pierwszej Dywizji.
16 lutego 2010 zmienił nazwę na Mietałłurg-Jenisej, a w następnym roku na Jenisej Krasnojarsk. Od 2010 brał udział w rozgrywkach Pierwszej Dywizji. W sezonie 2012/13 Jenisej dotarł do ćwierćfinału Pucharu Rosji, pokonując Rubin Kazań i SKA-Chabarowsk, lecz ulegając CSKA Moskwa.
Sezon 2016/17 zespół zakończył na trzecim miejscu kwalifikując się do baraży o Priemjer-Ligę, w których jednak poniósł porażkę z Arsenałem Tuła. W sezonie 2017/18 Jenisej ponownie zajął trzecie miejsce w Pierwszej Dywizji i po raz drugi wziął udział w barażach. Tym razem zwyciężył w dwumeczu z Anży Machaczkała i awansował.