Ten ukrył się u ojca skrzywdzonej kobiety i podjął próbę dogadania się, w związku z czym musiał poślubić ich siostrę, by uniknąć ich zemsty. Jednakże w tak potworny sposób rozpoczęte małżeństwo było przeklęte.
Klitajmestra urodziła Agamemnonowi dzieci o imionach Elektra, Ifigenia, Orestes, Chryzotemis. Chłopiec był z nich najmłodszy. Wcześniejsza wersja mitu jeszcze o Elektrze nie wspomina. Występują w niej prócz Orestesa Laodike, Chrysotemis i Ifigenia.
Początek wojny trojańskiej i ofiara z Ifigenii Dalsze losy Klitajmestry wiążą się z jej siostrą Heleną. Tę ostatnią, żonę Menelaosa i królową Sparty, porwał królewicz trojański Parys. Dyplomacja na nic się zdała, podobnie jak prywatny list od Klitajmestry do siostry, który dostarczył Palamedes. W efekcie postanowiono wyruszyć na wojnę przeciwko Troi, a na czele wyprawy stanął brat Menelaosa, Agamemnon. Achajowie mieli wyruszać, jednak przeszkodę stanowiła cisza morska. Okazało się, że wynikła ona z gniewu Artemidy, która domaga się ofiary z córki wodza, Ifigenii. Zadecydowano o sprowadzeniu dziewczyny z Myken czy też z Argos, na co pomimo odrazy i smutku zgodził się jej ojciec. Nie wyjawiono jej jednak prawdy. Królewna przybyła wraz z matką swą Klitajmestrą i niemowlęciem Orestesem, sądząc, że zaręczą ją z Achillesem.