Jeszcze inna wersja mitu mówi, że Klitajmestra zabiła męża toporem, gdy ten składał ofiarę. Razem z królem Myken śmierć ponieśli jego towarzysze, Kasandra i jej bliźnięta. Sama Klitajmestra odebrała życie swej rywalce. Pragnęła również zabić Orestesa, który został jednak wyprowadzony z zamku. Taką relację matki do syna podaje Pindar. Starsze wersje mitu, sformułowane w poematach epickich, obwiniały o całą zbrodnię Ajgista. Klitajmestra miała według nich nie brać udziału w mordzie. Jednak późniejsze wersje, przedstawione przez dramaturgów, również i jej przypisują winę, a nawet stawiają ją w centrum wydarzeń, jako tę, która własną ręką zadała śmierć swemu małżonkowi. Zbrodnia ta była niekiedy przedstawiana w sztuce greckiej, ale nie zdarzało się to często. Dzieła takie najczęściej tworzono w okresie archaicznym, można tu też wymienić etruskie urny. Klitajmestra nie zawsze też była na tych dziełach przedstawiona, częściej występował na ich Ajgistos. O jej małżeństwie i jego końcu opowiada też tragedia Ajschylosa Agamemnon z 458 p.n.e., w której Klitajmestra zabija męża, który poświęcił jej córkę zagniewanej bogini i planował postawić brankę wojenną na równi ze swoją prawną żoną, co stanowiło zniewagę Klitajmestry jako żony, matki i królowej. W Agamemnonie Ajschylosa Kasandra staje przed Klitajmestrą, uznającą niewolnicę za zbyt dumną, ale milczy, by dopiero po jej odejściu wyjawić widzom swą przepowiednię.
Śmierć