Pistone po tych zdarzeniach zmienił imię i nazwisko. Odszedł na emeryturę w 1997 po 27 latach pracy w charakterze „tajniaka”. Jak wyznał w jednym z nielicznych wywiadów, 6 razy musiał się przeprowadzać, lecz mafia nigdy nie odkryła miejsca jego pobytu. Przez jakiś czas razem z rodziną korzystał z .
W 2004 Joseph Massino, boss rodziny Bonanno, zleceniodawca zabójstwa Sonny'ego Napolitano, został skazany za rozliczne przestępstwa.
Literatura i film Pistone szczegółowo opisał swoje doświadczenia w wydanej w 1987 książce pod tytułem Donnie Brasco: My Undercover Life in the Mafia. W 1997 na podstawie książki powstał film Donnie Brasco z Johnnym Deppem w roli tytułowej oraz z Alem Pacino w roli Ruggiero. W 2004 Pistone wydał kolejną książkę opisującą jego doświadczenia jako Donnie'ego Brasco pt. The Way of the Wiseguy.
Pistone nadal jest aktywny jako autor i konsultant światowych agencji zajmujących się egzekwowaniem prawa (policja itp). Wraz z Salvatore Bonanno, synem Joego Bonanno, napisał książkę The Good Guys. W 2006 na podstawie jego przeżyć powstał film Za cenę życia, w którym wystąpili m.in.