wnuka, Gerharda Brandesa (burmistrza Gdańska), później syna tego ostatniego, Johanna (ławnika gdańskiego), wnuka Johanna i prawnuka, Johanna Gerharda (ławnika), właścicieli m.in. również Świbna i Przegaliny. Po Brandesach Krzyżowniki dzierżawiła rodzina Schwartzwaldów, a w pierwszej połowie XIX wieku rodzina Rotzoll.
W 1536 władze Gdańska podjęły decyzję o dostarczaniu wody pitnej dla miasta z jeziora Jasień, spływającej Potokiem Siedleckim. Od stawu młyna w Krzyżownikach (zniszczonego podczas wojen napoleońskich) woda była prowadzona podziemnym drewnianym rurociągiem, wzdłuż obecnych ul. Kartuskiej i Nowych Ogrodów (do Targu Siennego).
Około 1900 został założony cmentarz katolicki św. Franciszka (Franziskus Friedhof), obecnie połączony z cmentarzem Łostowickim. Krzyżowniki zostały włączone do Gdańska 15 sierpnia 1933.
thumb|220px|Dwór Krzyżowniki Dwór Krzyżowniki W dworze w Krzyżownikach w 1623 gościł król polski Zygmunt III Waza. Zachowane fragmenty zespołu dworskiego (ul. Kartuska 245) pochodzą z połowy XVII wieku. Od 1763 był miejscem zebrań loży wolnomularskiej Pod Trzema Pionami.