Nie negując istnienia sekt czy też ruchów rzeczywiście szkodliwych, podnoszą oni, iż samo umieszczenie informacji o legalnie działającym związku wyznaniowym w kontekście „sekty” i „psychomanipulacji” ma negatywny wpływ na ich wizerunek i postrzeganie społeczne, niezależnie od prezentowanej na ich temat treści.
Część z takich ruchów nie spełnia definicji sekty destrukcyjnej, ponadto są wśród nich także związki wyznaniowe legalnie działające na terenie Polski. Do „niszczących duchowych zagrożeń” zaliczano czasami aikido, wróżbiarstwo czy reiki.
Ośrodki są także krytykowane przez niezależnych religioznawców. W opinii doktora Zbigniewa Paska z Pracowni Dokumentacji Wyznań Religijnych w Instytucie Religioznawstwa Uniwersytetu Jagiellońskiego, Ośrodki z definicji są niezdolne do obiektywizmu:w kwestiach dotyczących tak delikatnej materii, jaką jest religia, nie powinni wyrokować i pouczać potencjalni konkurenciZ wywiadu dla tygodnika „Przekrój”, sierpień 2006..Krytyka ośrodków pochodzi też ze strony przedstawicieli wyznań powiązanych z hinduizmem i buddyzmem, którzy uważają, iż materiały publikowane na stronie Ośrodków zawierają pomówienia i nieprawdę na ich temat oraz prowokują ataki na tle religijnym, VNN Vaishnava News Network – Europe, 6 czerwca 1998 ..