Ponadto ustawa przewiduje, że ze środków Funduszu sfinansowane będą utracone w latach 2002–2003 przez przewoźników kolejowych przychody z tytułu obowiązujących ustawowych ulg taryfowych w krajowych przewozach pasażerskich. Wypłaty te będą realizowane do czasu uregulowania zaległości.
Środki funduszu będą mogły być przeznaczane na spłatę wraz z odsetkami oraz innymi kosztami obsługi przeprowadzanych na rzecz Funduszu emisji obligacji bądź zaciągniętych na rzecz Funduszu kredytów i pożyczek. Środki Funduszu będą mogły być również kierowane na pokrycie zobowiązań wynikających z wykonywania przez Skarb Państwa obowiązków z tytułu gwarancji i poręczeń wspierających finansowanie przedsięwzięć ujętych w Programie rzeczowo-finansowym Rządu.
Podstawowe źródła zasilania Funduszu Stałe wpływy z opłaty paliwowej od paliw silnikowych i gazu do napędu pojazdów, przy czym Fundusz Kolejowy zasila 20% wpływów z tego tytułu. Oprocentowanie wolnych środków Funduszu na rachunku w BGK oraz przychody od lokat bankowych wolnych środków oraz z ich inwestowania w papiery wartościowe emitowane lub gwarantowane bądź poręczane przez Skarb Państwa, papiery wartościowe emitowane przez NBP, listy zastawne i jednostki uczestnictwa funduszy inwestycyjnych rynku pieniężnego. Przychody z akcji przekazanych przez Skarb Państwa (jeśli takie przekazanie