Produkcja Produkcja samolotu ruszyła pełną parą po japońskim ataku na Pearl Harbor. Była w nią zaangażowana duża liczba zakładów, rozrzuconych po całych Stanach Zjednoczonych. Podstawowe części samolotu pochodziły z 60 fabryk. Ostateczny montaż następował w wówczas największych na świecie halach produkcyjnych należących do Boeinga (w Wichita), Martina (w Omaha) i Bella (w Marietcie). W późniejszym okresie powstała jeszcze jedna linia montażowa zakładów Boeinga w Renton, którą uruchomiono w lipcu 1945. Do końca wojny wyprodukowano ponad 2 tys. egzemplarzy. Chociaż zamówienia na dalsze 5 tysięcy sztuk anulowano, produkcję wstrzymywano stopniowo, aż do maja 1946. Ogółem zbudowano 3960 egzemplarzy. W zakładach Boeinga w Renton utrzymano produkcję B-29D i pod oznaczeniem B-50 produkowano aż do 1953 roku.
Tylko 40 pierwszym egzemplarzom B-29 (a także pierwszemu XB-29 oraz czternastu YB-29) nadano maskujące barwy; pozostałe nie były malowane, co pozwoliło zmniejszyć masę samolotu i opór powietrza.
Nowatorstwo i problemy thumb|left|Właz kabiny ciśnieniowej w B-29.