Flora Dzięki licznym glebom wapiennym park charakteryzuje mnogość taksonów związanych z tego rodzaju podłożem. Na terenie Orlich Gniazd stwierdzono występowanie rzadkich i chronionych roślin m.in. liczne storczykowate: obuwik pospolity, buławnik czerwony, buławnik mieczolistny, buławnik wielkokwiatowy, gółka długoostrogowa, gnieźnik leśny, storzan bezlistny, podkolan biały, podkolan zielonawy, żłobik koralowy, storczyk kukawka, kruszczyk szerokolistny, kruszczyk rdzawoczerwony, a także inne rzadkie rośliny: warzucha polska – endemit, przytulia krakowska – endemit, wawrzynek wilczełyko, śnieżyczka przebiśnieg, lilia złotogłów, goryczuszka gorzkawa i orzęsiona, języcznik zwyczajny, pomocnik baldaszkowy.
Fauna Między innymi: ssaki: liczne gatunki nietoperzy, gronostaj, tchórz zwyczajny, wydra europejska, ryjówka malutka, rzęsorek rzeczek, zębiełek białawy, popielica, orzesznica, bóbr europejski, chomik europejski. ptaki: pustułka, jastrząb gołębiarz, krogulec, sowa uszata, puszczyk, płomykówka, pójdźka, jerzyk, lelek kozodój, kopciuszek, białorzytka zwyczajna, dudek, bocian biały, bocian czarny. gady: gniewosz plamisty, padalec, zaskroniec zwyczajny, żmija zygzakowata, jaszczurka żyworodna, jaszczurka zwinka. płazy: kumak nizinny, grzebiuszka ziemna, ropucha zielona, traszka grzebieniasta. bezkręgowce: wypławek alpejski,