z Benedyktem Herbestem i Jakubem Wujkiem.
Twórczość Jakub Niemojewski był znany jako nie tylko z wystąpień jako polemista sejmowy, ale również z publikacji ogłoszonych drukiem.
W 1603 roku jako autor trafił do pierwszego polskiego Indeksu Ksiąg Zakazanych powstałego z inicjatywy biskupa Bernarda Maciejowskiego.
Ważniejsze publikacje O jedności boskiej nierozdzielnej przeciwko wieku dzisiejszego błędom i bluźnierstwom ariańskim nowo wskrzeszonym (traktat skierowany przeciw swojemu bratu Janowi Niemojewskiemu), Kraków 1566, drukarnia M. Wirzbięta Odpowiedź na książki ks. Benedykta Herbesta, które pisał przeciwko Confessiej braciej naszej krześciańskiej... Przy tym odpowiedź na historię kacerzstwa Husowego, którego nigdy ten pobożny człowiek nie był winien (w obronie nauki braci czeskich), Kraków 1569, drukarnia M. Wirzbięta (odpowiedź na książkę B. Herbesta pt. Chrześcijańska porządna odpowiedź na tę Confessią, Kraków 1567, zapoczątkowała dalszą polemikę: B. Herbest Prodromus Przesłaniec albo Goniec..., Kraków 1571 oraz J. Niemojewski Epidromus abo Pogonia za Gońcem...); przekł. czeski 1586;