W okresie zdrowienia może pojawić się zespół przewlekłego zmęczenia (ang. chronic fatigue syndrome), charakteryzujący się trudnościami w koncentracji, uczuciem ciągłego zmęczenia, obniżeniem aktywności życiowej. Po podaniu ampicyliny, amoksycyliny lub innych antybiotyków (np. cefalosporyn lub makrolidów) może wystąpić swędząca osutka plamisto-grudkowa na skórze i błonach śluzowych. W niektórych badaniach wykazano, że u 80–90% osób z mononukleozą, którym podano ampicylinę, występuje rozsiana, czerwona wysypka.
Rozpoznanie thumb|Rozmaz krwi pacjenta z mononukleozą zakaźną ukazujący reaktywne (atypowe) limfocyty|240x240px W morfologii krwi obwodowej stwierdza się leukocytozę (10–20 tys./mm³) z limfocytozą i limfocytami atypowymi, > 10% ogólnej liczby krwinek białych. Często stwierdza się wzrost aktywności aminotransferaz. Rutynowa diagnostyka serologiczna opiera się nadal na obecności w surowicy krwi przeciwciał heterofilnych (odczyn Paula-Bunnella-Davidsohna). U dzieci, zwłaszcza poniżej 5 roku życia, przeciwciała heterofilne wykrywa się znacznie rzadziej niż u osób dorosłych.