Wkrótce stosunki pomiędzy Panehsim a Wielkim kapłanem Amenhotepem zaostrzyły się grożąc otwartym konfliktem. Prawdopodobnie doszło do niepokojów, a później interwencji żołnierzy nubijskich. W mieście przywrócono porządek. Wprowadzono rządy wojskowe – zapewne coś w rodzaju „stanu wyjątkowego”, trwające według źródeł około 17 lat. Doszło do aktów przemocy i bezwzględnych rządów wojskowych. Prawdopodobnie Wielki kapłan Amenhotep został uwięziony, a jego miejsce na około dziesięć miesięcy zajął Panehsi. Ramzes XI poważnie zaniepokojony zaostrzającą się sytuacją, wysłał do Panehsiego list, nakazujący wycofanie się z Teb. Nie zachowały się żadne źródła, mówiące jak doszło do powrotu wojsk Panehsiego do Nubii. Amenhotep odzyskał urząd, a władzę cywilną objął nowy wezyr i nadzorca skarbu. Wicekról Nubii nie mogąc pogodzić się z utratą wpływów i znaczenia wypowiedział faraonowi posłuszeństwo i wkrótce ponownie wkroczył do Teb na czele swych wojsk. Doszło do starć zbrojnych. Głównym punktem oporu wojsk tebańskich był kompleks świątyń Ramzesa III w Medinet Habu oraz kompleks świątyń w Karnaku, miejsca rezydowania Wielkiego Kapłana Amona. Prawdopodobnie Amenhotep uszedł z Teb i zdołał przedostać się na północ. Wojska nubijskie opanowały Teby. Panehsi przeprowadził szybki, przymusowy pobór do wojska i wkrótce poprowadził armię ku północy.