Obszary te wchodzą w skład Niziny Panońskiej, zbudowanej z mezozoicznych osadów morskich i jeziornych. thumb|300px|Góry Dynarskie
Klimat Kraj położony jest w strefie klimatu umiarkowanego ciepłego na wschodzie i północy oraz podzwrotnikowego śródziemnomorskiego na zachodzie i południu. Średnia roczna temperatura powietrza zimą wynosi od 8 ºC na wybrzeżu do 0 ºC na północy, latem 22ºC–26 °C. Średnia roczna suma opadów waha się od 600 mm na nizinach do 1500 mm w górach. Opady uwarunkowane są przede wszystkim przez górzystą rzeźbę terenu, na którym temperatura maleje. Wraz z wysokością, wzrasta natomiast suma opadów. Na obszarach powyżej 1500 m n.p.m. panuje klimat górski.
Wody Sieć rzeczna jest dobrze rozwinięta. Góry stanowią obszar źródłowy wielu rzek. Największe systemy rzeczne tworzą Sawa (prawobrzeżny dopływ Dunaju) z Driną, Bośnią, Uną, Vrbasem oraz uchodząca do Morza Adriatyckiego Neretwa. Przeważająca część kraju należy do zlewiska Morza Czarnego. Z niewielkiej części na południu kraju rzeki uchodzą do Morza Adriatyckiego jak wymieniona wyżej Neretwa. Bośnia posiada niewiele jezior naturalnych, które mają niewielką powierzchnię (największe z nich Blidinje).