Istniały plany, aby jednostka walczyła na froncie wschodnim. Jednakże z powodu narastającego rozwoju ruchu partyzanckiego w Chorwacji 369 DP w sile ok. 14 tys. ludzi w styczniu 1943 r. została wysłana na Bałkany. Pierwszą operacją przeciwpartyzancką, w której wzięła udział, była operacja "Weiss" w północnej Bośni, nazywana też bitwą nad Neretwą. Od 20 stycznia do końca marca 369 DP działała wespół z 7 Ochotniczą Dywizją Górską SS "Prinz Eugen" na obszarze Sisak – Kostajnica. Po tych działaniach jej obszar operacyjny został wyznaczony na tereny od miejscowości Karlovac na zachodzie do granicy chorwacko-serbskiej na rzece Drina na wschodzie i od wybrzeża adriatyckiego Niepodległego Państwa Chorwackiego (NDH) na południu do linii rzeki Sawa na północy. Większość walk toczyła w rejonie Sarajewa – Mostaru. W maju 369 DP uczestniczyła w kolejnej operacji "Schwarz", nazywanej też bitwą nad Sutjeską, podczas której poniosła ciężkie straty z siłami partyzanckimi przebijającymi się w kierunku północno-zachodnim. Po odpoczynku i uzupełnieniu stanów walczyła z partyzantami w rejonie miejscowości Travnik od grudnia 1943 r. do końca stycznia 1944 r. (operacje "Kugelblitz", "Schneesturm" i "Waldrausch").