Twierdza Kostrzyn była dla III Rzeszy niezwykle ważna, blokowała ona Armii Czerwonej drogę do Berlina, w związku z czym zadecydowano o jej obronie za wszelką cenę. Forty zostały zmodyfikowane i przystosowane do współczesnego pola walki. Podobnie postąpiono z miastem przygotowując je do długotrwałej obrony. Stworzono jednolity system obrony z trzema pasami transzej z rowem przeciwczołgowym i 14 schronami bojowymi.
Pierwszy atak na twierdzę przeprowadziły wojska 1 Korpusu Zmechanizowanego dowodzonego przez gen. Siemiona Kriwoszeina. Zajęcie miasta z marszu nie powiodło się w związku z czym rozpoczęły się ciężkie walki w których uczestniczyła 5 Armia Uderzeniowa i 8 Gwardyjska Armia. Twierdza i miasto zostało zdobyte 12 marca 1945 roku, jednak w wyniku walk poważnemu uszkodzeniu uległo około 90% budynków, a wraz z nimi duża część umocnień bastionowych twierdzy.
Obecnie teren twierdzy przedzielony jest granicą polsko-niemiecką, przy czym większość obiektów dawnej twierdzy znajduje się po stronie polskiej. Turystycznie wykorzystany jest jedynie Fort Gorgast znajdujący się w Niemczech, oraz Bastion Filip, Brama Chyżańska i Brama Berlińska (będące elementami składowymi miasta-twierdzy) po stronie polskiej.