Latem 2004 Čech zmienił klub, a także kraj i przeniósł się do czeskiej Sparty Praga. Początkowo był wypożyczony, jednak ostatecznie Sparta zdecydowała się wykupić słowackiego zawodnika, który podpisał z klubem 3-letni kontrakt. W Sparcie Čech przez rok rozegrał 18 ligowych meczów oraz został mistrzem Czech.
Dobra postawa Čecha w lidze oraz Lidze Mistrzów zaowocowała transferem do FC Porto. Transfer miał miejsce latem 2005, a jego kwota wyniosła 1,5 miliona euro. Sam Marek podpisał kontrakt do 2009 roku. W portugalskiej lidze zadebiutował w 8. kolejce, 23 października w wygranym 1:0 wyjazdowym meczu z Nacional Funchal. W sezonie 2005/2006 nie zdołał wywalczyć miejsca w składzie Porto i na ogół był rezerwowym. Łącznie zagrał w 14 meczach w lidze i zdobył 1 gola. Z Porto wywalczył mistrzostwo kraju jak i Puchar Portugalii, a na początku sezonu 2006/2007 Superpuchar. Na koniec sezonu został po raz drugi mistrzem kraju, a tytuł ten obronił w sezonie 2007/2008.