Od 1998 należał do Stronnictwa Konserwatywno-Ludowego i (od 2002) SKL-Ruch Nowej Polski (rozwiązanego w 2003). W wyborach parlamentarnych w 2005 bez powodzenia kandydował do Sejmu z listy Prawa i Sprawiedliwości w okręgu nowosądeckim.
W 2007 r. uzyskał prawo dostępu do tajemnic wojskowych
Od grudnia 2015 roku jest prezesem zarządu Fundacji Narodowe Centrum Studiów Strategicznych.
Kontrowersje Według dziennika "Gazeta Wyborcza", oraz tygodnika "Polityka", Kotas posiadał powiązania z mafią sołncewską, jedną z bardziej wpływowych rosyjskich organizacji przestępczych.
Jacek Kotas pozwał dziennikarza śledczego Tomasza Piątka za słowa zamieszczone w książce "Macierewicz i jego tajemnice". Piątek pisał o rosyjskich powiązaniach Kotasa i jego spółki deweloperskiej Grupa Radius i nazwał go "rosyjskim łącznikiem". Kotas wytoczył mu za to dwie sprawy – o ochronę dóbr osobistych i o zniesławienie - obie przegrał. W dniu 11.01.2023 r. Sąd Najwyższy, po wniesionej kasacji, również wydał wyrok korzystny dla Piątka. Można w nim przeczytać, że